La Universidad Nacional de Ucayali (UNU) fue creada mediante el Decreto Ley N.° 22804, promulgado el 18 de diciembre de 1979, durante el Gobierno Militar del General Francisco Morales Bermúdez Cerruti, iniciando sus actividades con la denominación de Universidad Nacional de Pucallpa. Posteriormente, mediante la Ley N.° 23261, de fecha 16 de julio de 1981, el Gobierno Democrático del Arq. Fernando Belaúnde Terry ratificó la creación de la entonces Universidad Nacional de Pucallpa. Con la entrada en vigencia de la Ley Universitaria N.° 23733, el 9 de diciembre de 1983, se estableció en su artículo 97 que la Universidad Nacional de Pucallpa pasaría a denominarse Universidad Nacional de Ucayali. Asimismo, se aprobó el reglamento correspondiente, organizándose su régimen académico inicial sobre la base de tres (03) facultades.
En el ámbito de su desarrollo académico, el 20 de enero de 2007, la Asamblea Universitaria acordó la creación de la Facultad de Ingeniería de Sistemas, decisión que fue aprobada mediante la Resolución Rectoral N.° 001-2007-AU-R-UNU. Finalmente, el 20 de diciembre de 2008, la Asamblea Universitaria, mediante la Resolución N.° 009-2008-AU-R-UNU, aprobó por unanimidad la creación de la Escuela Profesional de Ingeniería Civil, adscrita a la Facultad de Ingeniería de Sistemas de la UNU. A partir de dicha fecha, la unidad académica pasó a denominarse Facultad de Ingeniería de Sistemas y de Ingeniería Civil.